当前，除工业污染之外，养殖污染已逐渐成为农村的主要污染源，其中以养猪业为甚。规模化养殖过程中产生的水污染，对周边环境影响很大。整治养殖污染，已成为建设美丽乡村的重要一环。
对于规模化养殖项目，地方政府应当在项目选址等方面严格把关，引导养殖企业远离河流、农田和村落。同时，相关部门加强监管，督促养殖企业加快技改，采取生态养殖方式，从源头控制污染。对那些污染排放严重、治理成效不明显的养殖场，要重点整治、限期整改，确实不能达标的要限时关闭或转产。
农村散养尽管数量不多，但大多位于村里或者靠近村庄，其产生的污染对村庄环境带来直接影响。不少村落空气中长年飘荡动物粪便的臭味，与美丽乡村建设格格不入。
通过合作社模式在村外建立“养殖小区”是可行的解决之道。可以实现对散养户的集中管理，实现统一治污，同时防止禽畜病菌在村庄中传播。