1、登录。代表机构登录上海市工商行政管理局网站，凭代表机构登记证上的企业标识和机构名称登录用户界面。
2、填写年度报告书。代表机构登录用户界面后点击“填写年度报告书”按钮。网上申报系统将自动匹配并显示代表机构年度报告书表式。代表机构在线填写年度报告书的过程中，可点击“暂存”按钮暂时保存所填写的内容，可在下次登录时对错漏的内容进行补充修改，直至确认所有填写内容准确完整。
3、打印年度报告书并提交书面材料。代表机构确认填写内容准确完整后点击“提交”按钮。网上申报系统将根据年度报告书中设置的必输项进行判断，不符合要求的，自动提示代表机构进行补充修改；符合要求的，提示代表机构申报成功，并显示打印年度报告书按钮。代表机构打印《申报意见书》和年度报告书，携带《申报意见书》所列材料，在2012年6月30日之前到指定地点提交年度报告。
4、工商部门接收代表机构年度报告。代表机构携带年度报告书和相关材料到受委托的属地工商分局指定地点提交年度报告。工商部门对其提交年度报告材料齐全、内容完整的，予以接收并加盖戳记。