随着肠道微生态学的发展，人们逐渐认识到益生菌对于维持动物肠道菌群平衡发挥着重要作用。猪肠道菌群的建立合分布、益生菌对肠道菌群的调控作用以及益生菌制剂的合理应用等问题。
益生菌可加强宿主抗病原防御体系，竞争性抑制有害菌的生存，从而影响营养物质利用率。常见的益生菌有芽孢杆菌、乳酸杆菌和双歧杆菌，这些共生细菌的作用近年来得到广泛关注，通过单殖悉生动物（已知菌动物）试验，了解到益生菌对肠道发育具有一定重要性。因此，益生菌对肠道消化生理及免疫功能的作用机制也越来越受到人们的关注，在日常生活中也普通使用，像养猪专用益生素就是很好的说明。
益生菌有许多重要的生理功能，如屏障作用，改善肠道功能，促进消化吸收等。随着研究的深入，发现益生菌还影响先天性、获得性免疫及免疫细胞作用，并通过与其他细菌互作，调控肠道消化生理，**后起到保护机体的作用，让畜禽少生病，健康成长，这样养殖就能创造更高的效益。